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我國戶籍法於民國20年12月12日公布。戶籍法施行細則於民國23年6月25日公布,但未施行,直至民國35年始在臺施行。當時有關戶籍登記業務由民政機關主管,地方則為戶籍課;士林鎮於民國35年2月1日正式成立,隸屬臺北縣七星區,即本所前身「臺北縣士林鎮公所戶籍課」。
民國38年8月26日草山管理局成立,臺北縣所轄士林及北投2鎮劃出改隸該局管轄;隔年3月1日草山管理局改名為陽明山管理局。民國56年7月1日臺北市升格直轄市,士林與北投2鎮劃入臺北市版圖,改鎮為區,其行政業務仍由陽明山管理局辦理。
民國58年,中央基於戡亂時期嚴密戶口管理,配合治安需要,試辦「戶警合一」制度,自民國62年正式將戶政業務由民政單位劃歸警察機關主管,並將鄉鎮市區公所之戶籍課改為各縣市鄉鎮市區戶政事務所,隸屬各縣市政府警察局。民國63年1月陽明山管理局裁撤,士林區行政業務改由臺北市政府直接管轄,於時本所正式成立「臺北市政府警察局士林區戶政事務所」。民國80年5月1日動員戡亂時期終止,民國81年7月1日實施「戶警分立」,戶政業務回歸民政單位管轄,即為現今之「臺北市士林區戶政事務所」。